A történet Naruto és Sakura újabb küldetésével kezdődik, hogy megtalálják és visszavigyék Sasuke-t Konohába. Később további főszereplők is csatlakoznak, mint pl Yamato taichou és Sai.

A cselekmények fő mozgatói az Akatsuki tagok. Céljuk, hogy megkeressék és megszerezzék a Bijuu-kat. Ahhoz, hogy ezt végrehajtsák rengeteg galibát okoznak mind a Homok falusiaknak mind Konohának és még több falunak is. Legelső akciójuk fő célpontja Shukaku alias Gaara az egyfarkú. Gaarat Deidara és Sasori sikeresen elkapta, viszont Sasori meghalt és a Shukaku sem lett az övék. Shukakut kivették Gaara testéből az tény, de Gaara ebbe bele is halt. Homok falu egyik örege Baa-chan viszont segített Gaara-nak és egy eddig nem látott jutsuval felélesztette Gaara-t..

Közben belátást nyerhetünk Sasuke és Orochimaru életébe is, ahol kiderül, hogy Orochimaru hogyan tud testből testbe vándorolni. Viszont egyik alkalommal kicsit legyengül és ekkor Sasuke csúnyán hátbatámadja. Ez Orochimaru vége. Sasuke ezután találkozik Itachival, akivel harcba száll, s végül győztesen kerül ki, de nem azért mert erős lenne vagy valami (csak Itachi hagyta magát). Viszont Itachi halála után (vagyis előtte) még adott valamit Sasuke-nak, valami nagyon fontosan, az Amaterasu-t. Itachi viszont nem csak Sasuke-nak adott ajándékot, hanem Narutonak is.

Közben Jiraiya a Painnel folytatott harc közben meghal. Egy üzenetet küld az öreg béka hátán Konohába, melybe belefoglalta Pain eddigi összegyüjtött titkát. Naruto nehezen vette, hogy mestere meghalt, s végül az öreg bölcs elviszi őt a Myouboku-hegyre, ahol elmondják, hogy ő az a fiú, akit megjósoltak Jiraiya-samának, aki majd megváltoztatja a világot. Ezzel Narutot az öreg béka elkezdni fejleszteni. Megtanítja neki, hogyan veheti fel a Remete formát. Hogyan kell alkalmazni a természeti chakrát és hogy egyáltalán mi is az.

Konohában közben kitör egy Pain által visszafizetett bosszú ami egy egész nagy harcba torkollik. Pain visszafizeti azt, amit a Konohaikat Eső falunak okoztak. Kiderül, hogy nem is az az igazi Pain aki ellen Naruto harcolt. A csata közben Narutoból előtör a 8 farkú, és már  9. is kezd előjönni, ekkor Naruto apja, Yondaime megjelenik a Kyuubi előtt, ahol Naruto le akarja tépni a pecsétet és megállítja fiát. Közli vele, hogy neki egyedül kell megtalálni a választ, hogyan tudná legyőzni az igazi Paint és hogyan tudja Konohát visszaállítani a régi helyzetbe. Naruto erőt vesz magán, és megkeresi az igazi Paint. Miután megtalálta, Pain megkérdezi tőle, tudja-e a választ az igazi békére? .. Pain elmeséli a fiúnak szomorú múltját, és hogy miért teszi ezt Konohával. Kiderül, hogy Paint szülei és legjobb barátja halála változtatta meg. S hogy miért Konoha? Az este, mikor szüleit elvesztette, a shinobik fejpántján a Rejtett Levélfalu emblémáját vélte felismerni. A múlt ismertetése után Pain újra felteszi a kérdést Narutonak, aki szintén elmeséli a maga történetét, amit mindenki jól ismer, s egy egyszerű válasz: " Nem számít mennyi fájdalmat kell átélnem, menni fogok tovább. Mert ez Naruto!" Pain ekkor elfogadja Naruto békéjét és felismeri benne Yahiko elszántságát. A Rinnegan segítségével Nagato alias Pain képes irányítani az életet és a halált, és feléleszti Kohona elbukott ninjáit. Nagato a jutsu végrehajtása után meghal. Konan pedig tovább áll Nagato és Yahiko holttestével. Miután Naruto hazafelé tart, a fáradtságtól majd össze esik, de Kakashi biztos támaszt nyújt neki. Kiérnek az erdőből és mindenki kitörő örömmel üdvözli Konoha hősét. :) Naruto egyik álma, hogy mindenki elismerje őt, és hogy mindenki tudja a nevét, íme teljesült! :)

Konoha szépen lassan újraépül. Közben megismerhetünk egy-két múltbeli történetet, amik valahogy kimaradtak az alapsztoriból (mert ezek nyomi fillerek -.-). 

Ezután Sasuke, miután Akatsuki tag lett, három bajtársával együtt azt a feladatot kapta, hogy kapja el a nyolcfarkú Killer Bee-t. Végre is hajtották, csak közben Killer Bee furfangos módon elbújt s így el tudta kerülni, hogy őt is megöljék. Sasuke ezek után elég erősnek érezte magát, hogy bosszút álljon Konoha ellen, akiket bátyja halála miatt okol. Közben Killer Bee tesója, Raikage, összehívta az öt kage-t, hogy megbeszéljék Sasuke elleni merényletüket, illetve az Akatsuki ellen. Naruto ez ellen tiltakozott, és személyesen kérte meg Raikage-t, hogy hagyja abba a Sasuke utána nyomozást, majd ő vissza viszi Konohába. Raikage nem engedett, Sasuke el lesz kapva. A kage gyűlés közben Tobi, azaz uchiha Madara arra utasította Sasuke-t, hogy avatkozzon be a gyűlésbe és öje meg Danzou-t. Sasuke így is tett, de közben Danzou elmenekült. Sasuke már alig volt magánál, így Tobi biztonságba helyezte. Közben Sakura rájött, hogy Naruto azért annyira makacs Sasuke megmentéséért, mert még régen tett neki egy ígéretet, miszerint visszahozza neki. Úgy érezte, hogy Naruto elfelejte az ígéretet, hogyha elmondja neki, mennyire szereti és már nem kell neki Sasuke. Ez bizony nem volt be, de közben kitalálta, hogy ő akarja megölni Sasuke-t. Kakashi tudta, hogy ez szinte öngyilkosság lenne, ezért Sakura után akart menni, de közben Naruto rosszul lett. Tobi megállította út közben Danzou-t akinek két testőrét szépen elintézte, s adott neki egy megfelelő ellenfélt. Sasuke és Danzou így összecsaptak.
A harcból Sasuke jött ki győztesen, akit Tobi elvitt magával. Naruto elment a Myouboku hegyre, ahol a Béke Bölcstől megtudta, hogy egy polip segít nek ia közeljövőben. Elindul egy "S" rangú "küldetésre". Megérkezik a "paradicsomba", ahol a nyolcfarkú, Killer Bee kezelésbe veszi.

Folytatjuk..